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PROW: KIR Sequence Alignment
[PROW BAR]

Amino Acid Sequence Alignment for
KIR


	Consensus	HEGGQDKPFL SAWPSAVVPR GGHVTLRCHY RRGFNNFMLY KEDRIHVPIF 	50
                                                      
	2DL1	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DS1	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DL2	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DL3	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DS2	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DS4	  	Q--******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DS3	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	2DS5	  	---******* ********** ********** ********** ********** 	 3
	3DL1	  	-M-------- ---------- ---------- -HR------- ------I--- 	50
	3DS1	  	-M-------- ---------- ---------- -HR------- ---------- 	50
	3DL2	  	LM-------- --R--T---- ----A-Q--- ---------- ----S----- 	50
	2DL4	  	-V-------C ---------Q ---------- -----I-T-- -K-GVP--EL 	50
	

	Consensus	HGRIFQESFN MSPVTPAHAG TYRCRGSHPH SPTGWSAPSN PLVIMVTGVH 	100
	
	2DL1	  	********** ********** ********** ********** ********V- 	  5
	2DS1	  	********** ********** ********** ********** ********V- 	  5
	2DL2	  	********** ********** ********** ********** ********V- 	  5
	2DL3	  	********** ********** ********** ********** ********V- 	  5
	2DS2	  	********** ********** ********** ********** ********V- 	  5
	2DS4	  	********** ********** ********** ********** ********V- 	  5
	2DS3	  	********** ********** ********** ********** ********FR 	  5
	2DS5	  	********** ********** ********** ********** ********FR 	  5
	3DL1 		---------- -----T---- N-T------- ---------- -V------N- 	100
	3DS1 		-------G-- -----T---- N-T------- ---------- -M------N- 	100
	3DL2 		---------I -G-------- -------R-- -L-------- --------N- 	100
	2DL4	  	YN---WN--L I--------- ------F--- ---EW----- --------** 	 98
	

	Consensus	RKPSLLAHPG PLVKSEETVI LQCWSDVMFE HFLLHREG.F .DTLRLIGEH 	150
	
	2DL1	  	---------- ---------- ---------- --------M- N--------- 	 55
	2DS1	  	---------- R--------- ---------- --------M- N--------- 	 55
	2DL2	  	---------- R--------- -------R-- --------K- K---H----- 	 55
	2DL3	  	---------- ---------- -------R-Q --------K- K---H----- 	 55
	2DS2	  	---------- ---------- -------R-- --------KY K---H----- 	 55
	2DS4	  	----F--L-- H--------- ---------- --------K- NN--H----- 	 55
	2DS3	  	---------- R--------- ---------- --------T- N--------- 	 55
	2DS5	  	---------- ---------- ---------- --------T- NH-------- 	 55
	3DL1	  	---------- -----G-R-- ------I--- --F--K--IS K-PS--V-QI 	150
	3DS1	  	---------- -----G-R-- ------I--- --F--K-WIS K-PS--V-QI 	150
	3DL2	  	---------- --L--G---- ---------- --F---D-IS E-PS--V-QI 	150
	2DL4	  	********** ********** ********** ********** ********** 	 98
	
	
	Consensus	HDGVSKANFS IG.MMQDLAG TYRCYGSVTH SPYQLSAPSD PLDIVITGLY 	200
	
	2DL1	  	---------- -SR-T----- ---------- ----V----- ------I--- 	105
	2DS1	  	---------- -SR-R----- ---------- ---------- ------I--- 	105
	2DL2	  	---------- --P------- ---------- ---------- ---------- 	105
	2DL3	  	---------- --P------- ---------- ---------- ---------- 	105
	2DS2	  	---------- --P------- ---------- ---------- ---------- 	105
	2DS4	  	---------- --P--PV--- --------P- ---------- ---M--I--- 	105
	2DS3	  	I--------- --R-R----- --------P- ----F----- ---------- 	105
	2DS5	  	I-----G--- --R-T----- ---------- ---------- ---------- 	105
	3DL1	  	---------- --P--LA--- ---------- T--------- -----V--P- 	200
	3DS1	  	---------- --S--RA--- ---------- T--------- -----V---- 	200
	3DL2	  	---------- --PL-PV--- --------P- ---------- ---------- 	200
	2DL4	  	********** ********** ********** ********** ********-- 	100
	
	
	Consensus	EKPSLSAQPG PTVLAGESVT LSCSSRSSYD MYHLSREGEA HERRLPAGPK 	250
	
	2DL1	  	---------- -------N-- ---------- ---------- ---------- 	155
	2DS1	  	---------- -------N-- ---------- ---------- --------T- 	155
	2DL2	  	---------- ---------- ---------- ---------- --C-FS---- 	155
	2DL3	  	---------- ---------- ---------- ---------- ----FS---- 	155
	2DS2	  	---------- ---------- ---------- ---------- ----FS---- 	155
	2DS4	  	---------- ---Q---N-- ---------- ---------- -------VRS 	155
	2DS3	  	---------- ---------- -----W---- -----T---- ----FS---- 	155
	2DS5	  	-----P---- ---------- ---------- ---------- ---------- 	155
	3DL1	  	---------- -K-Q------ ---------- --------G- -------VR- 	250
	3DS1	  	---------- -K-Q------ ---------- --------G- -------VR- 	250
	3DL2	  	---------- ---Q---N-- -----W---- I--------- -----R-V-- 	250
	2DL4	  	-----T-R-- ---R---N-- -----Q--F- I--------- --L----V-S 	150
	

	Consensus	VNGTFQADFP LGPATHGGTY RCFGSFRDSP YEWS.SSDPL LVSVTGNPSN 	300
	
	2DL1	  	---------- ---------- ------H--- ----K----- ---------- 	205
	2DS1	  	-------N-- ---------- ---------- ----K----- ---------- 	205
	2DL2	  	---------- ---------- ---------- ----N----- ----I----- 	205
	2DL3	  	---------- ---------- ---------- ----N----- ---------- 	205
	2DS2	  	---------- ---------- ---------- ----N----- ---------- 	205
	2DS4	  	I--------- ---------- --------A- ----N----- ---------- 	205
	2DS3	  	---------- -----Q---- ------H--- ----K----- ---------- 	205
	2DS5	  	--R-----S- -D------A- ---------- ----K----- -------S-- 	205
	3DL1	  	--R------- ---------- -------H-- ----DP---- ---------S 	300
	3DS1	  	--R------- ---------- -------H-- ----DP---- ---------S 	300
	3DL2	  	--R------- ---------- -------AL- CV--N----- ---------S 	300
	2DL4	  	I--------- -------E-- ------HG-- ----DP---- P--------S 	200
	

	Consensus	SWPSPTEPSS KTGNPRHLH	330
	
	2DL1	  	---------- ---------	224
	2DS1	  	---------- E--------	224
	2DL2	  	---------- ---------	224
	2DL3	  	---------- E--------	224
	2DS2	  	---------- ---------	224
	2DS4	  	---------- ---------	224
	2DS3	  	---------- ---------	224
	2DS5	  	---------- E--------	224
	3DL1	  	---------- -S-------	319
	3DS1	  	---------- -S--L----	319
	3DL2	  	---------- -S-IC----	319
	2DL4	  	---------F ---IA----	219
	

Sequences are from the following cDNA clones:

NAMEcDNA CLONECOMMENT
KIR2DL1 cl-42 
KIR2DL2 cl-43 
KIR2DL3 cl-6 
KIR2DL4 15.212 
KIR2DS1 EB6ActI 
KIR2DS2 cl-49 
KIR2DS3 nkat7 
KIR2DS4 cl-39 
KIR2DS5 nkat9 
KIR3DL1 cl-11 
KIR3DL2 cl-5 
KIR3DS1 nkat10 

Modified 10/15/99   mpr@mail.nih.gov